মহারাজের কর্ম দক্ষতা এবং আধ্যাত্মিক চেতনায় সন্তুষ্ট হয়ে শ্রীল জয়পতাকা মহারাজ ১৯৮৭ সালে ইসকনের প্রধান কার্যালয় শ্রীধাম মায়াপুরের জেনারেল ম্যানেজার পদে অধিষ্ঠিত করে ভক্তি পুরুষোত্তম স্বামী মহারাজকে ভুবনেশ্বর থেকে মায়াপুর নিয়েআসেন। মহারাজের নেতৃত্বে ধীরে ধীরে মায়াপুরে গীতা করোসপনডেন্ট কোর্স , জাগ্রত ছাত্র সমাজ কলেজ প্রচার , গ্রন্থ প্রচার দল গড়ে উঠে যা পরবর্তী সময়ে সমগ্র পশ্চিমবঙ্গ ও অন্যান্য এলাকাতে বিস্তার লাভ করে । তখন থেকে মহারাজ শ্রীল জয়পতাকা মহারাজের অধীনে ইসকন প্যান্ডেল প্রোগ্রামে নেতৃত্ব প্রদান করেন যা পরবর্তীতে নামহট্টপ্রচারে রুপান্তরিত হয় ।

 

ইসকন মায়াপুরের জেনারল ম্যানেজার দায়িত্ব পালনকালে মহারাজ ইসকন মায়াপুরের কো-ডাইরেক্টর হিসেবে দায়িত্ব লাভ করেনএবং পরবর্তীতে একইসাথে মায়াপুর এডমিনিস্ট্রেটিভ কাওন্সিলের চেয়ারম্যান হিসেবে নিযুক্ত হন । মায়াপুরে ক্রমবর্ধমান গৃহস্থ ভক্তের সংখ্যা বৃদ্ধি এবং ভক্তদের ছেলেমেয়েদের কথা বিবেচনা ও তাদের কল্যানার্থে ভক্তি পুরুষোত্তমস্বামী মহারাজ ২০০৩ সালের এপ্রিল মাসে মায়াপুরে “ভক্তিবেদান্ত ন্যাশনাল স্কুল” প্রতিষ্ঠা করেন । ভক্তিবেদান্ত ন্যাশনাল স্কুল, মায়াপুর, ভারতের কেন্দ্রীয় মাধ্যমিক শিক্ষা বোর্ডের অধিভুক্ত । একই সাথে মহারাজ প্রতি বছর নবদ্বীপ মন্ডল পরিক্রমার বিস্তার সাধনের এবং ভক্তরা যাতে ভালভাবে পরিক্রমা করতে পারেন সেজন্য সর্বোচ্চ চেষ্টা করছেন ।